L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.
Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD).
Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

Le LMI PRESTO (PRotect-dEtect-STOp) s’attache à comprendre et atténuer les débordements zoonotiques dans les points chauds de la biodiversité en déclin en Asie du Sud-Est - a été créé en janvier 2022 avec pour objectif principal de comprendre comment les infections zoonotiques peuvent émerger, ou ré-émerger, se propager et comment elles peuvent être stoppées. Pour répondre à cette problématique d’émergence de maladies zoonotiques, des approches diverses et complémentaires sont nécessaires. C'est pourquoi le consortium multidisciplinaire et international établi dans le cadre de PRESTO rassemble des chercheurs de divers domaines et institutions dont les Université de Chiang Mai et Mahidol en Thaïlande, l'Université des Sciences de la Santé et l'Université Nationale du Laos en RDP Lao, et de l'IRD, notamment l'unité de recherche MIVEGEC en France.

L’Asie du sud-est abrite l’une des biodiversités les plus riches de la planète ; on y trouve près d’un cinquième des espèces végétales et animales. Celles-ci sont menacées par les activités humaines notamment la surexploitation des terres, la déforestation, et l’urbanisation, qui facilitent les contacts homme et faune sauvage avec pour conséquence la possible transmission à l’homme de pathogènes normalement présents chez les animaux. Ce risque accru de propagation de maladies dangereuses fait que l’Asie du Sud-Est pourrait être le prochain point zéro d’une pandémie.

Dans le cadre de ce LMI plusieurs recherches sont menées pour étudier la diversité génétique de pathogènes zoonotiques infectant des humains ainsi que des animaux, sauvages ou domestiques. Du fait des progrès technologiques en matière de séquençage, de grandes quantités de données moléculaires, notamment des données sur l'ADN, et de données biologiques sont générées dans le cadre de ces recherches.  Il est indispensable que ces données soient correctement identifiées, stockées et organisées pour pouvoir être exploitées de manière optimale et pour que les résultats des recherches puissent bénéficier à la communauté scientifique et plus généralement aux populations concernées ou affectées. De plus, il est à prévoir que ces données seront enrichies avec de nouvelles études et nécessiteront une augmentation du stockage des données et une conception innovante des bases de données. 

Sous la responsabilité de Nicole NGO-GIANG-HUONG, coordinatrice du LMI presto, votre mission consistera à développer des outils informatiques pour optimiser la gestion et le traitement des données, en participant à l’élaboration et la mise en œuvre de projets de recherche en contribuant notamment à la formation en bio-informatique d’étudiants et partenaires.

Dans ce cadre-là, vos activités seront les suivantes :

• Préparer du matériel pédagogique pour des formations. 
• Communiquer avec les partenaires du LMI PRESTO. 
• Préparer des workshops.
• Développer les bases de données appropriées et des plans
• Rédiger des rapports d’études ou notes techniques.

Votre future équipe

Vous serez affecté au LMI PRESTO situé sur le campus principal de Chiang Mai et au laboratoire de Nong Hoi en Thaïlande. Vous travaillerez directement avec les 2 coordinateurs Nicole NGO-GIANG-HUONG et Woottichai KHAMDUANG.

Vous serez aussi amené à collaborer avec des chercheurs partenaires thaïlandais et Laotiens (enseignant-chercheurs de plusieurs de plusieurs disciplines travaillant sur l’analyse génétique de pathogènes humains ou animaux).

Cette mission de 12 mois peut être renouvelée pour 12 mois supplémentaires.

Conditions d’éligibilité au VI

• La date de naissance, l’adresse permanente et le numéro de Civiweb doivent impérativement être mentionnés sur le CV.
• Etre de nationalité d’un pays de l’Union Européenne.
• Avoir moins de 28 ans à l’inscription sur civiweb.
• Avoir moins de 29 ans au démarrage du contrat.

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Excellentes connaissances voire maitrise d’au moins un langage informatique couramment utilisé en bio-informatique (R, Python, Bash).
• Connaissance du système de gestion de base de données MySQL ou PostgreSQL.
• Connaissance du système de gestion de version GIT.
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats.
• Savoir synthétiser et présenter à divers auditoires les méthodes de bio-informatique et les résultats d’analyse.
• Niveau C1 en anglais qui sera la langue principale de travail.

Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :

• Rigueur scientifique.
• Autonomie.
• Capacité à prioriser les tâches en ayant un véritable sens de l’organisation.
• Capacité à transmettre des connaissances, goût pour la transmission des savoirs et qualités pédagogiques.
• Bonne adaptabilité et capacité d’intégration dans un collectif pluridisciplinaire et international.

Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7 ou 8, Master, diplôme d’ingénieur ou doctorat dans les domaines suivants : Bio-informatique, informatique, statistique ou biologie.