L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

L’UMR QUALISUD (Développement d’une démarche intégrée pour la production d’aliments de qualités) est dédiée à la transformation de l’aliment, de son processus d’élaboration jusqu’à l’appréciation de ses qualités sensorielles et nutritionnelles, de son bénéfice santé, de son innocuité et de ses propriétés technologiques.

L’équipe « Alimentation, Nutrition, Santé des populations aux Suds » s'intéresse aux voies d'amélioration de la qualité nutritionnelle des aliments consommés par les groupes vulnérables dans les pays du Sud. Elle développe des recherches sur les relations entre matrices alimentaires, procédés de transformation, microbiotes et hôte. La fabrication de ces aliments nécessite la mise en œuvre de différentes méthodes de microbiologie et biochimie, permettant la caractérisation des acteurs des fermentations, de leurs fonctions et de leur application.

Vous intégrerez une équipe dynamique travaillant sur un domaine innovant et actuel, l’étude des microbiotes alimentaires et intestinaux. Vous participerez à des projets visant à contribuer à la résolution des problèmes nutritionnels dans les pays du Sud dans un positionnement original s’intéressant aux questions de sous-nutrition et d’utilisation des microorganismes pour lutter contre les carences alimentaires. Des collaborations impliquant des structures privées en Afrique, en Asie et en France vous permettront de participer à la mise en place de solutions concrètes pour lutter contre les malnutritions.

Sous la responsabilité de Christèle Humblot chercheure à l’IRD spécialiste en microbiologie, votre mission à consistera à choisir, adapter et mettre en œuvre les méthodes nécessaires à la réalisation des activités de recherche de l’UMR dans le domaine de l’écologie microbienne moléculaire

 vos activités seront les suivantes :

• Assurer la veille méthodologique et la mise au point de méthodes en métagénomique (écologie synthétique, cultures microbiennes, approches « méta-omiques », préparation, suivi et contrôle des opérations de fermentation).
• Réaliser des analyses de routine en biologie moléculaire (extraction ADN, ARN, PCR en temps réel, séquençage à haut débit).
• Conduire les analyses de données issues du séquençage à haut débit (métagénomes alimentaires et intestinaux) en utilisant des outils de bio-informatique (Qiime 2, R, Python, Bash) y compris sur des clusters de calcul, du traitement des données à la visualisation.
• Favoriser l’articulation avec les structures opérationnelles et décisionnelles (plateformes de séquençage à haut débit, interactions avec les centres de ressources microbiennes).
• Rédiger des protocoles détaillés d’analyse et former les stagiaires et partenaires.
• Respecter et faire respecter les règles d'éthique, d'hygiène et sécurité.
• Participer à la gestion du laboratoire (commandes, suivi des stocks, maintenance)

 Votre future équipe

Vous intègrerez une équipe multidisciplinaire composée de 6 chercheurs, 1 ingénieur de recherche, 2 ingénieurs d’études 1 assistant ingénieur et 1 technicien. La multidisciplinarité des approches développées (épidémiologie, science des aliments) vous permettra d’interagir avec des collègues de différents domaines, tout en renforçant les aspects microbiologiques portés principalement par un chercheur de l’équipe.

Vous travaillerez en interactions fortes avec les membres de cette équipe ayant un effectif de taille restreinte ainsi qu’avec des membres d’autres équipes de l’UMR (par exemple en bioinformatique).

Vous partagerez un espace commun pour mener à bien les activités qui vous seront confiées, dans un collectif engagé et volontaire.

Vous interagirez avec des partenaires et étudiants du Sud dans un environnement multiculturel.

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Être autonome dans la mise en œuvre des principales techniques de base de biologie moléculaire (extraction ADN, ARN, PCR en temps réel ou digitale, séquençage à haut débit).
• Avoir une expérience d’utilisation des outils de bio-informatique ainsi qu’en langages de programmation utilisés en analyses de données (R, Python)
• Mener les techniques de microbiologie classique.
• Rédiger des comptes rendus et des protocoles.
• Avoir un niveau de connaissance en anglais suffisant pour l’encadrement d’étudiants non francophones Niveau B1-B2

Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :

• Vous êtes consciencieux, rigoureux et patient.
• Vous avez un goût prononcé pour le travail en équipe.
• Vous avez des capacités d’adaptation fortes à un nouveau collectif et un environnement multiculturel.

Les postes ouverts à la mobilité sont accessibles aux fonctionnaires dont le corps est inférieur, égal ou supérieur au corps du poste.

De formation approfondie en biologie moléculaire, une expérience en bio-informatique appliquée est essentielle.

Rejoindre l’IRD

L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.

L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.

L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires.

En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez :

• De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).
• Tickets restaurants OU d’une restauration collective (en fonction du site).
• Souscription annuelle (facultative) à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
• Participation à hauteur de 15€/mois pour la protection sociale.