Institut français de recherche scientifique internationale, l’IRD contribue à renforcer la résilience des sociétés face aux bouleversements globaux. Il est présent dans plus de 50 pays d’Afrique, d’Amérique latine, d’Asie et du Pacifique, ainsi qu’en France hexagonale et dans les Outre-mer. 

Ses activités de recherche répondent de manière concrète à des besoins prioritaires : atténuation et adaptation aux changements climatiques, lutte contre la pauvreté et les inégalités, préservation de la biodiversité, accès aux soins, prise en compte des dynamiques sociales. Les questions de recherche sont élaborées avec les acteurs de terrain et les populations locales. Les équipes croisent les regards, les disciplines et les connaissances à travers des partenariats de long terme pour construire des solutions robustes et à fort impact.

L’IRD défend une recherche qui bénéficie au plus grand nombre. Il partage les résultats de ses projets et met la science au service de l’action. Il accompagne ainsi la transformation des sociétés vers des modèles sociaux, économiques et écologiques plus justes et durables.

L’Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO, Marseille), fait partie de l'Institut OSU-Pythéas et est sous la direction conjointe de l'Université Aix-Marseille, de l'Université de Toulon, du CNRS et de l'IRD. Son objectif est de mieux comprendre le système océanique et son évolution en réponse au changement global. Le MIO constitue ainsi un centre d'expertise en biologie marine, écologie, biodiversité, microbiologie, halieutique, physique, chimie, biogéochimie et sédimentologie. 

Votre future équipe

Au sein du MIO, vous intégrerez l’équipe MEB du MIO et bénéficierez d’un accompagnement structuré via notre plateforme OMICS.

Votre mission s’inscrira dans le cadre des activités bio-informatiques de la plateforme OMICS (resp. Sonia Bouchard) du MIO, labellisée plateforme technologique AMU et certifiée ISO9001v2015. Vous participerez au projet de recherche GRILLON (PI: Liebgott PP., Casalot .L, Bouchard S., Armougom F. 2025-2026) dont l’objectif global est le développement d’un système de production de biohydrogène. Cette étude vise à identifier et comprendre les mécanismes fins régissant le fonctionnement des microorganismes présents dans des échantillons d’intérêt. Votre travail portera principalement sur l’analyse de données omiques (i.e métagénomique/métabarcoding, voire metatranscriptomique) issues du séquençage long-read via le Gridion Nanopore, avec un focus particulier sur les aspects taxonomiques et fonctionnels. La formation associée couvrira plusieurs dimensions: (i) Techniques & informatiques : maîtrise des outils bio-informatiques (R/Rstudio, serveur, Unix, administration système) et des langages de programmation (Python, Shell) ; (ii) analytiques : gestion des données de « big data », via la mise en œuvre de processus analytiques complexes type pipeline ; (iii) conceptuelles : interprétation de processus métaboliques microbiens ;  et enfin (iv) relationnel : participation à des échanges scientifiques (discussions, réunions) et valorisation des résultats sous forme de présentations et de publications.

Notre offre a retenu votre attention, vous êtes invité à déposer votre candidature (CV et lettre de motivation) en créant votre espace candidat en joignant également un calendrier prévisionnel de votre année d’apprentissage indiquant le rythme de l’alternance souhaité

En formation universitaire en bio-informatique, vous possédez des connaissances dans le domaine de de la microbiologie et le séquençage haut débit. Les compétences souhaitées, ou en cours d’apprentissage, ciblent l’analyse de données de séquençage de troisième génération par la technique Nanopore, la biostatistique, un langage de programmation (Python,Shell,R), et la métagénomique. Vous devrez faire preuve de rigueur, d’une bonne capacité d’écoute et d’un bon relationnel pour interagir avec les membres de l’équipe.