Institut français de recherche scientifique internationale, l’IRD contribue à renforcer la résilience des sociétés face aux bouleversements globaux. Il est présent dans plus de 50 pays d’Afrique, d’Amérique latine, d’Asie et du Pacifique, ainsi qu’en France hexagonale et dans les Outre-mer.

Ses activités de recherche répondent de manière concrète à des besoins prioritaires : atténuation et adaptation aux changements climatiques, lutte contre la pauvreté et les inégalités, préservation de la biodiversité, accès aux soins, prise en compte des dynamiques sociales. Les questions de recherche sont élaborées avec les acteurs de terrain et les populations locales. Les équipes croisent les regards, les disciplines et les connaissances à travers des partenariats de long terme pour construire des solutions robustes et à fort impact.

L’IRD défend une recherche qui bénéficie au plus grand nombre. Il partage les résultats de ses projets et met la science au service de l’action. Il accompagne ainsi la transformation des sociétés vers des modèles sociaux, économiques et écologiques plus justes et durables.

L’unité de recherche DIADE étudie la biodiversité végétale, les mécanismes d’adaptation des plantes et de leurs interactions avec l’environnement, explore les mécanismes de développement des plantes pour élaborer de nouveaux phénotypes qui sont nécessaires dans un contexte de changement climatique. Les équipes de l’unité développent pour cela une continuité d’approches, d’outils et de méthodes : analyse du génome, biochimie, physiologie, microscopie, modélisation, intégration des données.

L’unité s’intéresse particulièrement aux plantes des régions tropicales étant les régions où les défis actuels sont les plus importants : zone de biodiversité exceptionnelle, de forte croissance démographique, de pression soutenue sur l’environnement et de demande accrue en production végétale. L’unité développe ses recherches avec une implantation principale à Montpellier, et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie.

Sous la responsabilité d’un chercheur IRD votre mission consistera à intégrer des approches de génomique des populations avec des données de génomique fonctionnelle (expression des gènes, accessibilité de la chromatine, méthylation de l’ADN, annotation des régions régulatrices) afin d’identifier les facteurs génomiques et fonctionnels prédictifs des effets sélectifs des ET.

Vos activités seront les suivantes :

• Contribuer au développement du second volet d’un projet ANR (DaTEPalm), visant à comprendre comment les contraintes fonctionnelles et les réseaux de régulation influencent les effets délétères des éléments transposables (ET) et leur dynamique évolutive chez le palmier dattier.
• Intégration fonctionnelle–génomique des populations : développement d’approches statistiques permettant de relier la distribution des ET dans le génome à des variables fonctionnelles et à des paramètres évolutifs.
• Développement d’approches d’apprentissage automatique : mise en œuvre d’approches modernes de machine learning, idéalement incluant des méthodes de deep learning, afin de prédire l’impact fonctionnel potentiel des insertions d’ET. 
• Production et analyse de données de génomique fonctionnelle : participation à l’échantillonnage de tissus (feuilles jeunes et fleurs) pour des analyses RNA-seq, ATAC-seq et de méthylation de l’ADN sur plusieurs variétés de palmier dattier ; traitement des données de séquençage, contrôle qualité, alignement sur des génomes de référence et analyses différentielles d’expression.
• Construction et analyse de réseaux de régulation génique: développement de réseaux de co-expression et de régulation intégrant les données transcriptomiques et épigénétiques ; identification de modules fonctionnels spécifiques des tissus et caractérisation de la centralité des gènes.
• Analyse comparative et modélisation évolutive: comparaison de la dynamique des ET entre différentes populations et lignées de palmier, intégration avec des approches de modélisation des distributions d’effets sélectifs (DFE), et contribution à l’interprétation évolutive des résultats.
• Participation à l’encadrement scientifique d’un doctorant ainsi qu’à la valorisation des résultats (analyses, publications, communications scientifiques).

Votre future équipe

Au sein de l'équipe DIADE, vous bénéficierez d'un accès aux infrastructures de calcul haute performance régionales et nationales (Genotoul, Institut Français de Bioinformatique) et collaborerez avec un réseau local (CBGP, IRD) comme international de chercheurs travaillant sur la génomique de la spéciation et la biologie évolutive des plantes.

Le projet implique également des sessions de terrain en France et possiblement au Moyen-Orient, selon l’intérêt du candidat.

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Expertise en génomique, transcriptomique, annotation et génomique comparative ; maîtrise des outils en ligne de commande, des langages de script (Python, R, bash) et  systèmes de contrôle de version (Git); expérience avec les systèmes de gestion de jobs et les environnements de calcul en cluster.

• Expérience en analyse de données de reséquençage de génomes entiers, incluant l'identification de variants (SNPs, indels, éléments transposables (ET), les scans de sélection, l'inférence démographique, expérience avec les outils de simulation (coalescent, msprime, SLIM).

• Idéalement : connaissances ou expertise en approches de deep learning.

• Expérience avec des jeux de données génomiques difficiles, en particulier les grands génomes (>2 Gb) avec un contenu élevé en séquences répétées, familiarité avec les technologies de séquençage de lectures longues (PacBio, Oxford Nanopore) et les outils analytiques associés.

• Connaissance de l'identification, l'annotation et les analyses au niveau populationnel des éléments transposables ; compréhension de la dynamique des ETs et leur impact sur l'évolution des génomes.

• Maîtrise de l'anglais niveau B2 -C1 (le français est un plus mais non requis).

Vous faites preuves des qualités humaines suivantes : 

• Autonomie et initiative : Capacité à gérer indépendamment des projets analytiques complexes tout en sachant quand solliciter des conseils et collaborer.

• Rigueur : Engagement à produire une recherche de haute qualité et reproductible avec une documentation et une validation soigneuse des résultats.

• Communication : compétences en rédaction scientifique et capacité à présenter des concepts complexes  à des publics variés.

• Adaptabilité et résolution de problèmes : Capacité à résoudre des défis techniques.

• Esprit collaboratif : Enthousiasme pour le travail en équipe interdisciplinaire.

 Vous êtes titulaire d'un doctorat (niveau 8) en biologie, biologie de l’évolution ou bioinformatique.

L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.

L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.

L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires.

En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez :

• De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).
• Tickets restaurants OU d’une restauration collective (en fonction du site).
• Souscription annuelle (facultative) à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
• Participation pour la protection sociale.
• D’un cadre de travail agréable, proche de la nature, desservi par le Tram ligne 5 et accessible en vélo et bénéficiant d’un système de co-voiturage (convention mobilité signée avec la métropole).