L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français. Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD). Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement. L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé de l’Europe et des Affaires Étrangères.

L’UMR DIADE vise à comprendre la diversification des plantes tropicales, qui constituent un des principaux réservoirs originaux de la biodiversité et pour lesquelles la conservation, la gestion et l’exploitation sont des enjeux majeurs pour un Développement Durable. Les activités que vous mènerez s’insèrent dans le cadre du projet Qualitiz (Projet Feder Réunion 2025-2028) porté par l’IRD (UMR DIADE) et l’Université de La Réunion (UMR PVBMT et laboratoire CHEMBIOPRO). Ce projet vise à étudier la diversité génétique des populations naturelles et cultivées d’une dizaine d’espèces médicinales, endémiques des Mascareignes, afin d’appréhender leur structuration génétique et fournir les connaissances nécessaires à leur valorisation et leur conservation. Pour trois espèces, des analyses génomiques et chimiques complémentaires seront menées afin d’identifier des génotypes performants, élucider les voies de biosynthèse des molécules bioactives ciblées, et identifier les pratiques culturales favorisant leur accumulation, ceci afin de proposer des solutions concrètes aux acteurs de la filière.

Votre mission principale sera de prendre en charge les analyses génétiques et génomiques des données du projet Qualitiz et leur valorisation.

Dans ce cadre, vos activités seront les suivantes :

• Etudier la diversité génétique des populations naturelles des espèces ciblées après génotypage par séquençage (méthode RADseq ou suite à un enrichissement par capture)
• Mener des analyses phylogénétiques, la clarification botanique de certains taxons, et l’étude de l’histoire démographique des espèces
• Pour 3 espèces, rechercher les facteurs génétiques et environnementaux contrôlant la biosynthèse de molécules bioactives ciblées
• Réaliser l’analyse génomique de familles de gènes impliquées dans la biosynthèse de biomolécules chez deux plantes médicinales, Coffea mauritiana et Psiadia dentata (génome disponible ou en cours de séquençage)
• Participer à la collecte des échantillons de feuilles en milieu naturel (forêts réunionnaises) en accompagnant l’ingénieur en charge de la constitution de l’échantillothèque végétale nécessaire au projet
• Rédiger des articles scientifiques à l’issue des analyses
• Participer au transfert des connaissances auprès des acteurs de la filière ‘plantes médicinales’ de La Réunion

Vous serez intégré à l'équipe ADvENS de l’UMR Diade.

Vous serez accueilli au sein de la Plateforme 3P à Saint-Pierre.

Vous interagirez principalement avec les généticiens du projet (P. Lashermes, UMR Diade, Montpellier, et E. Garot, UMR PVBMT, Saint-Pierre), les physiologistes en charge de l’étude des voies de biosynthèse (T. Joët et S. Dussert, UMR Diade, Montpellier) et l’ingénieur en charge de la collecte des échantillons (CDD Qualitiz, Saint-Pierre).

Vous participerez aux réunions regroupant l’ensemble des acteurs du projet (UMR Diade, UMR ChemBioPro, UMR PVBMT et Armeflhor).

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Maîtrise des approches de génétique/génomique des populations
• Connaissances en biostatistiques et génétique d’association pour tester les effets environnementaux
• Maîtrise des outils bioinformatiques et de langages de programmation (Python, R, …)
• Capacité rédactionnelle et communication en anglais

Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :

• Rigueur
• Organisation
• Autonomie
• Aisance relationnelle
• Sens des responsabilités
• Esprit d’initiative

Vous possédez un diplôme Doctorat (niveau 8). Une première expérience professionnelle dans le domaine est souhaitable.