L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

L’équipe mixte de recherche EMR269 « MANGO » s’intéresse aux mécanismes génomiques de l’adaptation chez les plantes, il s’agit d’une équipe mixte entre l’IRD, le CNRS et l’Université de Perpignan. Elle fait partie du Laboratoire « Génome et Développement des Plantes » et est basée sur le campus de l’Université de Perpignan.

Au cours de cette mission vous participerez à l’analyse bioinformatique de la dynamique du génome dans des plantes soumises à des stress environnementaux pour mieux comprendre l’adaptation des plantes au changement climatique.

Sous la responsabilité de Marie Mirouze, directrice de recherche à l’IRD, et en collaboration avec Marie-Christine Carpentier, IE CNRS, vos activités seront les suivantes :

• Vous serez en charge de la caractérisation de l’ADN extrachromosomique (ADNecc) à partir de données de séquençage Nanopore dans des plantes d’Arabidopsis soumises à des stress abiotiques, dans le cadre d’un projet ANR international "CropCircle".
• Vous serez en charge de la caractérisation des variants structuraux (SV) dans ces mêmes plantes à partir de données ProméthION Nanopore.
• Vous participerez à l’assemblage de génomes de riz et de hêtre à partir de données ProméthION Nanopore.
• Vous contribuerez à améliorer des outils et pipelines dédiés à l’analyse et à l’assemblage des ADNecc et des SV.

 Votre future équipe

L’EMR MANGO travaille sur plusieurs modèles végétaux (Arabidopsis, hêtre, riz, inule) et se caractérise par le développement de protocoles adaptés à l’utilisation des lectures longues Nanopore pour la génomique et la transcriptomique ainsi que le développement d’outils bioinformatiques dédiés. L’équipe est financée par des projets ANR ainsi que par le Labex TULIP. La recherche de l’équipe s’inscrit dans le Science de la Durabilité avec des projets sur l’impact du changement climatique que ce soit dans des rizières au Mali ou dans les forêts en Méditerranée.

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Maitrise des outils bioinformatiques pour l'analyse des données NGS.

• Expérience d’utilisation de données génomiques en lectures longues (Nanopore par exemple). Une expérience en variations structurales serait un plus.

• Très bonnes capacités rédactionnelles et aisance à l’oral.

• Capacités relationnelles et interculturelles.

• Niveau de maitrise de l'anglais C1-C2.

Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :

• Sens du travail en équipe.

• Rigueur.

• Méthode et sens de l’organisation.

• Autonomie et adaptabilité.

• Capacités relationnelles et interculturelles.

• Ouverture d’esprit.

   

Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7, Master 2 ou diplôme d’ingénieur en Bio informatique.

L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.

L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.

L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires.

En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez :

• De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).
• Tickets restaurants OU d’une restauration collective (en fonction du site).
• Souscription annuelle (facultative) à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
• Participation à hauteur de 15€/mois pour la protection sociale.