L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

L'IRD en 230 secondes

L’UMR PHIM (Institut de la Santé des Plantes de Montpellier) est située dans le sud de la France, au bord de la mer Méditerranée. Elle se compose de 16 équipes réparties en 4 départements de recherche, avec 140 personnels permanents (dont 76 chercheurs) issus de plusieurs organismes publics français. L’institut étudie les interactions entre plantes, micro-organismes et insectes à différentes échelles géographiques et temporelles, en se concentrant sur les plantes cultivées en zones tropicales et méditerranéennes. Ses programmes de recherche portent sur les mécanismes moléculaires microbiens et végétaux impliqués dans la colonisation, l’évolution des génomes de pathogènes, la diversité et le fonctionnement du phytobiome, ainsi que la surveillance et la modélisation des épidémies. L’objectif final est de développer de nouvelles stratégies de lutte contre les maladies des plantes (biocontrôle, biostimulation, résistance génétique).

Le riz est une culture de base en Afrique de l'Est, mais sa production est menacée par des maladies fongiques, bactériennes et virales, dont beaucoup sont émergentes ou mal caractérisées dans la région. Le changement climatique, le commerce international et les infrastructures de diagnostic limitées ont favorisé la propagation des agents pathogènes, menaçant ainsi la sécurité alimentaire.

Sous la responsabilité de Sébastien Cunnac, chercheur à l’IRD, vous rejoindrez un projet combinant épidémiologie de terrain, séquençage Oxford Nanopore Technologies, analyses écologiques et bioinformatiques, afin de développer un système innovant de surveillance des maladies du riz. Les objectifs du projet sont d’identifier des agents pathogènes du riz connus et nouveaux, de caractériser la co-occurrence des pathogènes et leur synergie potentielle et d’étudier les communautés de phages du riz comme agents potentiels de biocontrôle.

Vos activités seront les suivantes :

• Optimiser les méthodes d’extraction des acides nucléiques et mettre en œuvre des protocoles de séquençage métagénomique.
• Participer à des missions de terrain à l’étranger (~1 mission de 3 mois) et coordonner la collecte et le traitement des échantillons.
• Analyser des communautés complexes à partir des données de métagénomique.
• Contribuer aux publications scientifiques et partager les résultats lors de conférences et au sein de réseaux collaboratifs.

 Votre future équipe

Ce travail s’inscrit dans un effort collaboratif entre les équipes XPLAIN, VICITA et BLAST de l’UMR PHIM, avec un fort soutien des systèmes agricoles nationaux (NARS) et des programmes de terrain en cours en Afrique de l’Est. Vous aurez donc à interagir avec l’ensemble des partenaires et vous serez formé sur les différents pathosystemes étudiés sur le riz.

Vous serez intégré au sein de l’équipe XPLAIN, composée d’une quinzaine de permanents, elle s'intéresse principalement aux interactions entre les bactéries du genre Xanthomonas, leur hôte végétal et le cortège microbien associé, notamment chez le riz.

Conditions d’éligibilité

Les postes ouverts au titre du programme postdoctoral de l’IRD sont des contrats de travail à durée déterminée de droit public relevant de l’article L. 412-4 du Code de la recherche.

Le contrat postdoctoral doit être conclu au plus tard trois ans après l’obtention du diplôme de doctorat.

Peuvent candidater les personnes titulaires du diplôme de doctorat au plus tard à la date de conclusion du contrat postdoctoral, c’est-à-dire ayant soutenu leur thèse entre le 1er septembre 2022 et le 30 septembre 2025.

Aucune expérience préalable au Sud ou en Outre-mer n’est requise

Envoyer sa candidature (cv et lettre de motivation) sur IRD EMPLOI

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Expérience avérée dans l’analyse de données de séquençage à grande échelle (métagénomique, transcriptomique).

• Maîtrise des techniques de biologie moléculaire pour la manipulation d’ADN et d’ARN.

• Motivation pour le travail de terrain à l’étranger.

• Des connaissances sur les interactions hôte-pathogène et le diagnostic moléculaire sont un atout.

   

• Excellentes compétences en communication et capacité à travailler dans une équipe multidisciplinaire et multiculturelle.

Vous faites preuves des qualités humaines suivantes : 

• Autonomie et sens de l’initiative – Capacité à organiser son travail de manière indépendante, en laboratoire comme sur le terrain.

• Rigueur et curiosité scientifique.

• Adaptabilité – Souplesse face à des contextes variés (missions à l’étranger, milieux multiculturels, imprévus logistiques).

• Esprit d’équipe – Goût pour le travail collaboratif, notamment dans un environnement pluridisciplinaire et international.

• Aisance pour présenter, expliquer et valoriser ses résultats auprès de publics variés, notamment en langue anglaise (niveau C1-C2).

 Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 8, doctorat en microbiologie, biologie moléculaire, bioinformatique, phytopathologie ou domaine connexe.