L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

L'IRD en 230 secondes

L’unité de recherche DIADE (DIversité, Adaptation et DEveloppement des plantes tropicales ; IRD-Univ. Montpellier-CIRAD) étudie la biodiversité végétale, les mécanismes d’adaptation des plantes et de leurs interactions avec l’environnement, explore les mécanismes de développement des plantes pour élaborer de nouveaux phénotypes qui sont nécessaires dans un contexte de changement climatique. Les équipes de l’unité développent pour cela une continuité d’approches, d’outils et de méthodes : analyse du génome, biochimie, physiologie, microscopie, modélisation, intégration des données.

L’unité s’intéresse particulièrement aux plantes des régions tropicales étant les régions où les défis actuels sont les plus importants : zone de biodiversité exceptionnelle, de forte croissance démographique, de pression soutenue sur l’environnement et de demande accrue en production végétale. L’unité développe ses recherches avec une implantation principale à Montpellier, et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie.

Une mission attractive

Les fleurs des orchidées méditerranéennes du genre Ophrys imitent les femelles d'insectes par des signaux visuels, tactiles et olfactifs, attirant des mâles qui réalisent ainsi la pollinisation. Le projet se concentre sur Ophrys aveyronensis, une espèce composée de deux sous-espèces géographiquement séparées (O. a. subsp. aveyronensis en France et O. a. subsp. vitorica en Espagne) qui ont divergé il y a moins de 1500 générations / 5000 ans.

Sous la responsabilité d' un chargé de recherche IRD en étroite collaboration avec un maître de conférences à Perpignan, votre mission sera de contribuer au développement du projet ANR ORIGAMIS, un projet visant à relier génomique, phénotypes et fitness par des approches innovantes sur un modèle ambitieux d’orchidées à long génome. Des études préliminaires suggèrent fortement l’implication de variants structuraux dans le maintien de la diversité des phénotypes floraux (Gibert et al. 2025).

Dans ce cadre vos activités seront les suivantes :

• Elucider les mécanismes proximaux et les pressions évolutives qui sous-tendent cette diversité.
• Développer des technologies nouvelles (par ex. haplotagging, séquençage longues lectures Nanopore) afin d’analyser sous l’angle de la biologie évolutive les variations ponctuelles et structurales susceptibles de façonner les traits floraux chez Ophrys. Ceci implique le traitement bioinformatique des données générées, ainsi que le génotypage et le contrôle qualité de l’appel des variants.
• Contribuer au plan d’échantillonnage et aux missions de terrain (Nord de l’Espagne et Grands Causses).
• Développer des approches de modélisation en génétique des populations afin de tester différents scénarios évolutifs neutres et sous sélection quant à l’origine et la dynamique des variants.

Référence: Gibert, A., Schatz, B., Buscail, R., Nguyen, D., Baguette, M., Barthes, N. and Bertrand, J.A.M. (2025), Floral phenotypic divergence and genomic insights in an Ophrys orchid: unraveling early speciation processes. New Phytol, 245: 849-868. https://doi.org/10.1111/nph.20190

Votre future équipe

Vous rejoindrez l'unité DIADE à Montpellier, un environnement de recherche dynamique à la pointe de la génomique évolutive des plantes. Vous bénéficierez d'un accès aux infrastructures de calcul haute performance régionales et nationales (Genotoul, Institut Français de Bioinformatique) et collaborerez avec un réseau local (CBGP, IRD) comme international de chercheurs travaillant sur la génomique de la spéciation et la biologie évolutive des plantes. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un chercheur post doctoral de l’université de Perpignan afin de lier approches génomiques et approches de phénotypage haut-débit.

Le projet implique également des sessions de terrain en France et en Espagne.

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Expertise avérée en assemblage de génomes, annotation et génomique comparative ; maîtrise des outils en ligne de commande, des langages de script (Python, R, bash) et des systèmes de contrôle de version (Git); expérience avec les systèmes de gestion de jobs et les environnements de calcul en cluster.

• Solide expérience en analyse de données de reséquençage de génomes entiers, incluant l'identification de variants (SNPs, indels, éléments transposables (ET), les scans de sélection, l'inférence démographique, et de l’expérience avec les outils de simulation (coalescent, msprime, SLIM)

• Expérience avec des jeux de données génomiques difficiles, en particulier les grands génomes (>2 Gb) avec un contenu élevé en séquences répétées, familiarité avec les technologies de séquençage de lectures longues (PacBio, Oxford Nanopore) et les outils analytiques associés.

• Connaissance de l'identification, l'annotation et les analyses au niveau populationnel des éléments transposables ; compréhension de la dynamique des ETs et leur impact sur l'évolution des génomes.

Vous faites preuves des qualités humaines suivantes : 

• Autonomie et initiative : Capacité à gérer indépendamment des projets analytiques complexes tout en sachant quand solliciter des conseils et collaborer.

• Rigueur et attention aux détails : Engagement à produire une recherche de haute qualité et reproductible avec une documentation et une validation soigneuse des résultats.

• Communication efficace : Solides compétences en rédaction scientifique et capacité à présenter des concepts complexes de manière claire à des publics variés, maîtrise de l'anglais niveau B2 -C1 (le français est un plus mais non requis).

• Adaptabilité et résolution de problèmes : Capacité à résoudre des défis techniques, à apprendre rapidement de nouvelles méthodes et à ajuster les approches en fonction des résultats.

• Esprit collaboratif : Enthousiasme pour le travail en équipe interdisciplinaire, partage des connaissances et contribution à un environnement de recherche stimulant.

L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.

L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente.

L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires.

En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez :

• De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).
• Tickets restaurants OU d’une restauration collective (en fonction du site).
• Souscription annuelle (facultative) à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
• Participation pour la protection sociale.
• D’un cadre de travail agréable, proche de la nature, desservi par le Tram ligne 5 et accessible en vélo et bénéficiant d’un système de co-voiturage (convention mobilité signée avec la métropole).