2026-638 - Data Scientist, spécialiste de la fouille de données H/F

Mon, 31 Aug 2026 06:45:43 Z

Domaine / métier : SCIENCE - BAP E : Informatique (scientifique), Statistiques et Calcul scientifique/E2D46 - Ingénieur-e statisticien-ne
Poste ouvert aux : : Titulaires
Description du poste :
Sous la responsabilité de la responsable de l’équipe « EcosFAIR » et en étroite relation avec la D-DUNI et la Groupe de travail Intelligence Artificielle de l’IRD, l’ingénieur ou l’ingénieure mettra en œuvre des méthodes et des outils de fouille de texte dans le but de valoriser le patrimoine documentaire de l’IRD. En coordination avec les ingénieurs de la science de l’information, il ou elle élaborera des prototypes de service pour répondre aux besoins des scientifiques, des partenaires et de la gouvernance. Les activités principales de l’ingénieur seront les suivantes : · Organiser les corpus de documents dédiés pour les scientifiques, à partir du système d’information documentaire Horizon pleins textes · Mettre en place des protocoles et des méthodologies de créations automatisées des corpus pour répondre aux besoins des unités de recherche, des partenaires sud et de la gouvernance · Fouiller les informations dans les corpus de documents de la base Horizon · Mettre en œuvre l’apprentissage ou le fine-tuning (RAG) de modèles larges de langages (LLM) à partir de corpus de documents et de la base Horizon · Prototyper et tester les services auprès des scientifiques et de la gouvernance En lien avec l’équipe de gestion du patrimoine documentaire : · Participation au maintien et enrichissement du fonds documentaire de l’IRD · Participer à des communautés nationales et internationales de pratiques sur la fouille de texte dans les bibliothèques numériques · Participer aux développements des statistiques d’usage des documents numériques à l’IRD. · Participer à des réseaux métiers

Vous avez développé les compétences suivantes : · Compétences en programmation et bonne compréhension des structures de données, · Maîtrise des méthodes et outils de fouille de textes, et de traitement du langage naturel (NLP/TAL), · Maîtrise des méthodes d'apprentissage automatique et de l'analyse statistique, · Maîtrise de Linux · Connaissances des bases de données documentaires scientifiques Vous faites preuve des qualités humaines suivantes : · Vous êtes rigoureux et savez organiser votre travail en autonomie. · Vous faites preuve de curiosité et vous avez de bonnes capacités d’adaptation. · Vous possédez un esprit d’analyse et de synthèse ainsi que des compétences rédactionnelles. · Vous disposez d’un bon relationnel. · Vous avez un goût prononcé pour le travail en équipe dans un environnement multiculturel. Ce poste est ouvert uniquement aux fonctionnaires titulaires dans le cadre d'une mobilité interne ou externe.

2026-809 - Ingénieur en bioinformatique, traitement de données biologiques et environnementales H/F

Thu, 20 Aug 2026 13:43:49 Z

Domaine / métier : SCIENCE - BAP E : Informatique (scientifique), Statistiques et Calcul scientifique/E1E45 - Expert-e en calcul scientifique
Poste ouvert aux : : Contractuels
Description du poste :
Le projet Marine Microswimmers (2026–2028), financé par la Fondation BNP Paribas, vise à étudier les phénomènes de chimio-attraction entre les microorganismes marins et les organismes benthiques (coraux, gorgones, éponges, herbiers) afin de développer des stratégies innovantes de restauration écologique face au changement climatique et à l'érosion de la biodiversité. Votre mission consistera à conduire les analyses bioinformatiques du projet et à intégrer les résultats avec des jeux de données métabolomiques, microscopiques et environnementales. Sous la responsabilité de Nicolas Garcia Seyda (post-doctorant, IRD) et de Magali Lescot (IRHC, CNRS), les principales activités seront les suivantes : 1. Concevoir et développer des méthodes et des pipelines bioinformatiques pour l'intégration et l'analyse de données multi-omiques, d'imagerie et de paramètres environnementaux. 2. Structurer, harmoniser et assurer l'interopérabilité de grands jeux de données, conformément aux principes FAIR et aux standards internationaux. 3. Valoriser les développements méthodologiques et les résultats scientifiques par la rédaction de publications, la diffusion des outils développés (logiciels, pipelines, documentation) et la participation à des projets collaboratifs nationaux et internationaux. 4. Assurer une veille scientifique et technologique. 5. Participer à l'animation scientifique du projet ainsi qu'à la communication auprès du grand public.

Titulaire d'un diplôme de niveau Bac +5 (Master ou diplôme d'ingénieur) en bioinformatique, sciences des données, écologie numérique, génomique environnementale ou discipline connexe, le ou la candidate devra posséder une solide expertise dans le développement de méthodes d'analyse et de traitement de données biologiques et environnementales à grande échelle. Vous maîtrisez les approches de bioinformatique appliquées aux données multi-omiques (métabarcoding 16S/18S, métagénomique, métatranscriptomique), l'intégration de données multimodales et hétérogènes (imagerie, données omiques, paramètres physico-chimiques) ainsi que les méthodes statistiques multivariées, de réduction de dimension et d'apprentissage automatique (machine learning, deep learning et intelligence artificielle). Vous possédez de solides compétences en programmation scientifique (Python, R, C/C++, MATLAB, Java, JavaScript, PHP), en scripting Linux (Bash), ainsi qu'en développement de pipelines reproductibles (Snakemake, Nextflow). Vous maîtrisez les outils de gestion de versions (Git, CI/CD), les technologies de conteneurisation (Docker, Singularity), les environnements de calcul intensif (HPC) et les langages basés sur SQL ainsi que les bases de données relationnelles (PostgreSQL, MariaDB, MySQL). Une expertise en développement d'API et d'interfaces web (HTML/CSS, PHP, JavaScript) est attendue. Vous êtes capable de concevoir des solutions méthodologiques innovantes, de documenter et diffuser les développements réalisés, d'accompagner des équipes de recherche pluridisciplinaires et de contribuer à la valorisation scientifique des travaux par des publications et des présentations dans des contextes nationaux et internationaux. Vous faites preuve d'autonomie, de rigueur, d'esprit d'initiative et d'excellentes capacités de communication. Une expérience du travail en équipe multidisciplinaire et une aptitude à collaborer avec des chercheurs de différentes disciplines sont indispensables. Vous manifestez un intérêt marqué pour les sciences de l'environnement et les enjeux liés au changement climatique. La maîtrise du français et de l'anglais scientifique, à l'écrit comme à l'oral, est indispensable.

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